祖父が亡くなり、遺言書が出てきました。
家族で話し合ったところ、遺言書にかかれた内容とは違った遺産分割をする事に、全員で合意したのですが、問題はないでしょうか?

相続人全員同意の下で、遺言書と異なる内容の遺産分割協議をすることは可能なので、問題はありません。

相続人全員(遺言書で遺贈がなされた場合には、受遺者《遺贈を受けた人のこと》を含む)の同意の下で、遺言書と異なる内容の遺産分割協議をすることは可能なので、問題はありません。
ただし、遺言書において、遺言執行者の指定がなされている場合には、遺言執行者の同意または追認がなければ遺産分割協議は原則として無効とされます。
ただし、遺言書において、遺言執行者の指定がなされている場合には、遺言執行者の同意または追認がなければ遺産分割協議は原則として無効とされます。